V současné době se čím dál častěji používají biomateriály v medicínských aplikacích. Mezi tyto biomateriály patří i polyhydroxyalkanoáty (PHA), což je rozsáhlá skupina polymerů, které mají schopnost biodegradace a jsou biokompatibilní. Tyto polymery jsou produkovány některými mikroorganizmy jako zásoba energie. Objevení těchto PHA producentů a pochopení biochemie jejich biosyntézy vede k nalezení vhodných producentů pro výrobu PHA, dokonce dokážeme určit jaký substrát pro výrobu PHA preferují a jaký typ PHA produkují.
Tato práce optimalizuje metodu polymerázové řetězové reakce (PCR) pro nalezení genů podílejících se na syntéze PHA. Hledanými geny jsou všechny čtyři třídy PHA syntáz (kódovány geny phaC, phaE, phaR), které katalyzují polymeraci. Dále jsou hledány klíčové geny kódující enzymy podílející se na tvorbě PHA ze sacharidů a mastných kyselin (phaA, phaB, phaJ, phaG, fabG). Zoptimalizovaná metoda byla pak použita pro otestování 77 mikrobiálních kmenů zahrnující 16 různých mikrobiálních rodů. U většiny z těchto mikroorganizmů byla potvrzena přítomnost, alespoň jednoho z nich. Pouze u 10 kmenů nebyla potvrzena žádná přítomnost sledovaných genů. Přítomnost klíčové PHA syntázy byla potvrzena u 47 kmenů.
Zoptimalizovaná metoda v této práci přináší cenné informace o biochemických pochodech pro tvorbu PHA u testovaných mikroorganizmů. Díky ní lze nalézt nové producenty PHA a substrát, který vyžadují pro tvorbu.
Anotace v angličtině
Nowadays, biomaterials have been increasingly used in medical applications. These biomaterials incorporate polyhydroxyalkanoates (PHA), a considerable group of polymers that are both biodegradable and biocompatible. This group of polymers is produced by some microorganisms as an energy supply. The discovery of these PHA producers and the comprehension of their biochemistry of biosynthesis lead to the detection of convenient conditions to produce PHA. Actually, it is possible to determine what is their preferred substrate for PHA production and what type of PHA they are able to produce.
This thesis optimizes polymerase chain reaction (PCR) method for detecting genes involved in PHA synthesis. The detecting genes are all four classes of PHA synthase (encoded by the phaC, phaE, phaR genes), which catalyse polymerization. Furthermore, key genes encoding enzymes involved in the formation of PHA from carbohydrates and fatty acids (phaA, phaB, phaJ, phaG, fabG) are sought. Then, the optimized method was used to test 77 microbial strains comprising 16 different microbial genera. Most of these microorganisms have been confirmed by the presence of at least one of them. Only in 10 strains no presence of monitored genes was confirmed. The presence of key PHA synthase was confirmed in 47 strains.
The optimized method in this thesis provides valuable information about biochemical processes for PHA synthesis in examined microorganisms. Thanks to this are possible to recover new producers of PHA and the substrate they require for PHA synthesis.
V současné době se čím dál častěji používají biomateriály v medicínských aplikacích. Mezi tyto biomateriály patří i polyhydroxyalkanoáty (PHA), což je rozsáhlá skupina polymerů, které mají schopnost biodegradace a jsou biokompatibilní. Tyto polymery jsou produkovány některými mikroorganizmy jako zásoba energie. Objevení těchto PHA producentů a pochopení biochemie jejich biosyntézy vede k nalezení vhodných producentů pro výrobu PHA, dokonce dokážeme určit jaký substrát pro výrobu PHA preferují a jaký typ PHA produkují.
Tato práce optimalizuje metodu polymerázové řetězové reakce (PCR) pro nalezení genů podílejících se na syntéze PHA. Hledanými geny jsou všechny čtyři třídy PHA syntáz (kódovány geny phaC, phaE, phaR), které katalyzují polymeraci. Dále jsou hledány klíčové geny kódující enzymy podílející se na tvorbě PHA ze sacharidů a mastných kyselin (phaA, phaB, phaJ, phaG, fabG). Zoptimalizovaná metoda byla pak použita pro otestování 77 mikrobiálních kmenů zahrnující 16 různých mikrobiálních rodů. U většiny z těchto mikroorganizmů byla potvrzena přítomnost, alespoň jednoho z nich. Pouze u 10 kmenů nebyla potvrzena žádná přítomnost sledovaných genů. Přítomnost klíčové PHA syntázy byla potvrzena u 47 kmenů.
Zoptimalizovaná metoda v této práci přináší cenné informace o biochemických pochodech pro tvorbu PHA u testovaných mikroorganizmů. Díky ní lze nalézt nové producenty PHA a substrát, který vyžadují pro tvorbu.
Anotace v angličtině
Nowadays, biomaterials have been increasingly used in medical applications. These biomaterials incorporate polyhydroxyalkanoates (PHA), a considerable group of polymers that are both biodegradable and biocompatible. This group of polymers is produced by some microorganisms as an energy supply. The discovery of these PHA producers and the comprehension of their biochemistry of biosynthesis lead to the detection of convenient conditions to produce PHA. Actually, it is possible to determine what is their preferred substrate for PHA production and what type of PHA they are able to produce.
This thesis optimizes polymerase chain reaction (PCR) method for detecting genes involved in PHA synthesis. The detecting genes are all four classes of PHA synthase (encoded by the phaC, phaE, phaR genes), which catalyse polymerization. Furthermore, key genes encoding enzymes involved in the formation of PHA from carbohydrates and fatty acids (phaA, phaB, phaJ, phaG, fabG) are sought. Then, the optimized method was used to test 77 microbial strains comprising 16 different microbial genera. Most of these microorganisms have been confirmed by the presence of at least one of them. Only in 10 strains no presence of monitored genes was confirmed. The presence of key PHA synthase was confirmed in 47 strains.
The optimized method in this thesis provides valuable information about biochemical processes for PHA synthesis in examined microorganisms. Thanks to this are possible to recover new producers of PHA and the substrate they require for PHA synthesis.
Charakteristika mikroorganizmů vyskytujících se při tvorbě PHA.
Vliv substrátů na tvorbu PHA.
II. Praktická část
Cíl práce.
Metoda PCR pro stanovení bakterií produkující PHA.
Screening producentů PHA.
Vyhodnocení a zpracování výsledků.
Diskuze a formulace závěrů.
Zásady pro vypracování
I. Teoretická část
Charakteristika polyhydroxyalkanoátu (PHA).
Možnosti získávání a využití PHA.
Charakteristika mikroorganizmů vyskytujících se při tvorbě PHA.
Vliv substrátů na tvorbu PHA.
II. Praktická část
Cíl práce.
Metoda PCR pro stanovení bakterií produkující PHA.
Screening producentů PHA.
Vyhodnocení a zpracování výsledků.
Diskuze a formulace závěrů.
Seznam doporučené literatury
[1] ANDERSON, A. J. a E. A. DAWES, 1990. Occurrence, metabolism, metabolic role, and industrial uses of bacterial polyhydroxyalkanoates. Microbiol Rev. 54(4), 450-472.
[2] CHEN, Guo-Qiang a Junyu ZHANG. Microbial polyhydroxyalkanoates as medical implant biomaterials. Artificial Cells, Nanomedicine, and Biotechnology. 2017, 46(1), 1-18. DOI: 10.1080/21691401.2017.1371185. ISSN 2169-1401.
[3] TUFAIL, Saiqa, Sajida MUNIR a Nazia JAMIL. Variation analysis of bacterial polyhydroxyalkanoates production using saturated and unsaturated hydrocarbons. Brazilian Journal of Microbiology. 2017, 48(4), 629-636. DOI: 10.1016/j.bjm.2017.02.008. ISSN 15178382.
[4] MARTÍNEZ-GUTIÉRREZ, Carolina A., Hever LATISNERE-BARRAGÁN, José Q. GARCÍA-MALDONADO a Alejandro LÓPEZ-CORTÉS. Screening of polyhydroxyalkanoate-producing bacteria and PhaC-encoding genes in two hypersaline microbial mats from Guerrero Negro, Baja California Sur, Mexico. PeerJ. 2018, 6. DOI: 10.7717/peerj.4780. ISSN 2167-8359.
[5] Databáze Web of Science.
[6] Doporučení dle vedoucího.
Seznam doporučené literatury
[1] ANDERSON, A. J. a E. A. DAWES, 1990. Occurrence, metabolism, metabolic role, and industrial uses of bacterial polyhydroxyalkanoates. Microbiol Rev. 54(4), 450-472.
[2] CHEN, Guo-Qiang a Junyu ZHANG. Microbial polyhydroxyalkanoates as medical implant biomaterials. Artificial Cells, Nanomedicine, and Biotechnology. 2017, 46(1), 1-18. DOI: 10.1080/21691401.2017.1371185. ISSN 2169-1401.
[3] TUFAIL, Saiqa, Sajida MUNIR a Nazia JAMIL. Variation analysis of bacterial polyhydroxyalkanoates production using saturated and unsaturated hydrocarbons. Brazilian Journal of Microbiology. 2017, 48(4), 629-636. DOI: 10.1016/j.bjm.2017.02.008. ISSN 15178382.
[4] MARTÍNEZ-GUTIÉRREZ, Carolina A., Hever LATISNERE-BARRAGÁN, José Q. GARCÍA-MALDONADO a Alejandro LÓPEZ-CORTÉS. Screening of polyhydroxyalkanoate-producing bacteria and PhaC-encoding genes in two hypersaline microbial mats from Guerrero Negro, Baja California Sur, Mexico. PeerJ. 2018, 6. DOI: 10.7717/peerj.4780. ISSN 2167-8359.
[5] Databáze Web of Science.
[6] Doporučení dle vedoucího.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Student představil komisi výsledky své diplomové práce. Poté byla komise seznámena s posudky a hodnocením vedoucího a oponenta (hodnocení vedoucího: A - výborně, hodnocení oponenta: A - výborně). V rámci posudků byly studentovi položeny následující dotazy oponenta a vedoucího: Mgr. Magda Janalíková, Ph.D. - 1. Jaká kombinace genů musí být u testované bakterie přítomna, aby se dalo s vysokou pravděpodobností stanovit, že produkce PHA bude probíhat? 2. Jakou jinou strategii k výrobě mikrobiálního PHA lze použít kromě screeningu izolátů? ZODPOVĚZEN ZCELA.
Poté byla vedena diskuze o diplomové práci, během které byly jednotlivými členy komise položeny následující dotazy: doc. Ing. Marián Lehocký, Ph.D. - K čemu jsou dobré polyhydroxyalkanoáty? ZODPOVĚZEN ZCELA. doc. Ing. Věra Kašpárková, CSc. - Je některý kmen, který produkuje větší množství PHB? V jaké čistotě lze PHB takto získat? ZODPOVĚZEN ZCELA.